Raudtee rajati Naissaarele samal ajal kui hakati ehitama saarele kaitse-ehitisi. 1914.aastal sunniti saare elanikud kodudest lahkuma ja Vene impeerium alustas ehitustöödega. Raudteed pidi tariti ehitusmaterjale, töölisi ja suurtükke. 1918.aastaks oli raudteevõrgu kogupikkusest 37,7km. Haruteed läksid sadamasillale, patareide ja muude tähtsate ehituste juurde.
Juttude järgi on seenelised näinud Naissaare ürgmetsas kadunud auruvedurit. Puudest läbikasvanud ja sammaldunud. Vedur ehitati 1914.aastal Saksamaal Orenstein & Koppel tehases. Kui välja arvata seeneliste jutt, siis nähti vedurit saarel viimati 1950.aastatel. Kahjuks ei osata öelda, mis temast edaspidi sai. Võib-olla õnnestub kellelgi julgel vedur metsast üles leida. Sellest saaks kõmulise fotojahi pildi.
Teine auruvedur valmistati Tampere lina-ja masinavabrikus, Soomes. Vedurite võimsus oli 90 hj. Vaguneid oli nelja liiki alates 5 tonnise kandejõuga kuni raskeveovaguniteni, mis pidid kohale toimetama ka 51 tonniseid ja 83 tonniseid suurtükkide raudu.
Eesti I Vabariigi ajal võeti üleliigsed raudteeharud üles. Nii jäi raudtee kogupikkuseks vaid 23,5 km. Aegna saare vedurid oli number 1 ja 2, Naissaare vedurite numbrid olid 3 ja 4. Saarel kasutati ka mootordresiine. Peale Nõukogude okupatsiooni toodi Naissaarele auruvedureid juurde. 1970.aastate lõpul võeti kasutusele kolm diiselvedurit.
Pärast Nõukogude Liidu lagunemist jäi saarele Vene merevägi, kes saarel vanametalli kogudes võtsid üles ka raudteerööpaid. Hetkel on kunagisest Peeter Suure Merekindluse raudteevõrgust alles vaid väike osa, diiselvedur TU6A ja paar vagunit. Nende samadega teeme Naissaare ekskursioonidel soovijatele tuure.
Raudtee ehitamisest on nüüdseks möödas 100 aastat. Rööpad on näinud sada aastat ajalugu. Kui algselt ehitati raudteevõrk merekindluse ehituseks ja mehituseks, siis nüüd on raudtee ja raudruun ajalugu.
